16 ఏళ్ల తరువాత వారణాసి వరుస బాంబు పేలుళ్లు కేసులో దోషిగా నిర్ధారణ అయిన వలీవుల్లా ఖాన్కు ఘజియాబాద్ కోర్టు మరణశిక్ష విధించింది. 2006 మార్చి 7న వారణాసిలోని సంకట్మోచన్ ఆలయం, వారణాసి కంటోన్మెంట్ రైల్వే స్టేషన్ వద్ద జరిగిన బాంబు పేలుళ్లలో 28 మంది చనిపోయారు. మరో 100 మందికి పైగా గాయపడ్డారు. గోడౌలియా వద్ద పెట్టిన మూడో బాంబు పేలలేదు. ఈ రెండు కేసుల్లో వలీవుల్లా ఖాన్ను దోషిగా ఘజియాబాద్ కోర్టు నిర్ధారించింది.
ఐపిసి సెక్షన్లు హత్య, హత్యాయత్నం, పేలుడు పదార్థాల చట్టం కింద నమోదైన రెండు కేసుల్లోనూ వలీవుల్లా ఖాన్ను జిల్లా సెషన్స్ జడ్జి జితేంద్ర కుమార్ సిన్హా దోషిగా తేల్చారని జిల్లా ప్రభుత్వ న్యాయవాది రాజేశ్ శర్మ మీడియాకు తెలిపారు.
మరొక కేసులో సరైన సాక్ష్యాధారాలు లేకపోవడంతో అతడిని నిర్దోషిగా కోర్టు విడిచిపెట్టిందని చెప్పారు. 2006 మార్చి 7న ముందుగా లంక పోలీస్ స్టేషన్ పరిధిలోని సంకట్ మోచన్ ఆలయం లోపల సాయంత్రం 6.15 గంటలకు పేలుడు సంభవించింది.
తరువాత 15 నిమిషాలకు వారణాసి కంటోన్మెంట్ రైల్వే స్టేషన్లోని మొదట తరగతి రిటైరింగ్ రూమ్ వద్ద పేలుడు సంభవించింది. ఇదే రోజున దశ్మ వేద్ పోలీస్ స్టేషన్ పరిధిలోని ఒక రైల్వే క్రాసింగ్ సమీపంలోని రైలింగ్స్ వద్ద పేలని బాంబును కనుగొన్నారు.
వారణాసిలోని న్యాయవాదులు ఈ కేసును వాదించడానికి నిరాకరించారు. దీంతో అలహాబాద్ హైకోర్టు ఈ కేసును ఘజియాబాద్ జిల్లా కోర్టుకు బదిలీ చేసింది. ఈ మూడు కేసుల్లోనూ 121 మంది సాక్షులను విచారించారు.
ఏప్రిల్ 2006న స్పెషల్ టాస్క్ ఫోర్స్ ఈ కేసులో బంగ్లాదేశ్ తీవ్రవాద సంస్థ హర్కత్-ఉల్-జెహద్ అల్ ఇస్లామికి చెందిన వల్లీవుల్లా ఖాన్కు సంబంధం ఉందని ఆరోపించింది.